부과제척기간까지 기간이 3개월 이하 남았다는 이유로 과세전적부심사 제외결정을 하고 과세처분을 한 사안에서, 납세자의 양도소득세 신고·납부 이후 과세관청이 특별공제 적용의 문제점을 포착하고 양도소득세 부과절차를 진행하기 위하여 별도로 사실관계를 조사확인할 필요가 없었음에도 정당한 사유 없이 아무런 절차를 진행하지 않았다고 판단하고, 과세처분에는 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차상 하자가 있음을 이유로 이를 위법하다고 판단
서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2024구단78859 양도소득세부과처분취소
원 고 A
피 고 관악세무서장
변 론 종 결 2025. 6. 13.
판 결 선 고 2025. 8. 22.
주 문
1. 피고가 2024. 5. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 280,136,560원 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1982. 8. 27. 서울 서초구 B 대 161.2㎡ 및 그 지상 주택(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하여 보유하여 오다가, 2018. 8. 6. C, D에게 이 사건 부동산을 2,240,000,000원에 양도하였다.
나. 이 사건 부동산을 비롯한 인근 부지에서는 “F구역 주택재재건축정비사업“이 진행되어 ”F구역주택재건축정비사업조합“(이하 ”이 사건 조합“)이 설립인가되었고, 위 조합은 2016. *. *. 서초구청장으로부터 관리처분계획을 인가받았다.
다. 원고는 2018. 8. 10.경 이 사건 부동산의 양도차익 전액에 대하여 1세대 1주택인 고가주택에 적용되는 장기보유 특별공제율(80%)을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.
라. 피고는 2024. 3. 6.경에 이르러 원고는 조합원 입주권을 양도한 것이므로 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항에따라 관리처분계획인가전 양도차익에 대하여만 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다고 판단한 다음, 원고에 대하여 양도소득세 및 가산세 471,958,029원에 대한 과세예고 통지를 하였다.
마. 원고는 2024. 3. 28. 과세전적부심사청구를 하였으나, 피고는 2024. 4. 22. 과세예고통지일로부터 국세부과제척기간의 만료일(2024. 5. 31.)까지의 기간이 3개월 이하라는 이유로 원고에게 과세전적부심사청구 심사제외결정을 하였고, 원고의 장기보유특별공제에 관한 일부 주장을 받아들여 2024. 5. 1. 원고에 대하여 양도소득세176,944,374원, 가산세 103,192,188원 합계 280,136,560원 부과처분을 하였다(이하 ”이사건 부과처분“이라고 한다).
바. 한편, 원고가 이 사건 부동산을 처분할 당시 관리처분계획에 따르면 이 사건 부동산의 평가액은 1,327,152,312원(비례율 133.01%)이었으나, 원고가 이 사건 부동산을 양도한 이후인 2023. *. *. 이 사건 조합은 서초구청장으로부터 관리처분계획변경 인가를 받았는데 그에 따르면 이 사건 부동산의 평가액은 2,444,570,457원(비례율245.00%)으로 변경되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9, 10호증, 을 제1, 2호증의 각 기재
- 이하 자세한 내용은 아래 판결문 참고 바랍니다. -