사 건 2023두41314 부가가치세부과처분 등 취소청구
원고, 피상고인 겸 상고인
피고, 상고인 겸 피상고인
1. 성북세무서장
2. 원주세무서장
원 심 판 결 서울고등법원 2023. 4. 4. 선고 2021누33601 판결
판 결 선 고 2025. 5. 29.
--- 판결문 중 ---
주 문
원심판결의 피고 원주세무서장 패소 부분 중 원고 B 주식회사에 대한 2013년 2기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서 미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지2 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 별지2 표3 기재 각 부가가치세 가산세 부과처분 부분, 원고 주식회사 D에 대한 2014년 1기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지3 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 원고 F 주식회사에 대한 원심판결 별지4 표 기재 각 가산세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.
원고들의 상고와 피고 성북세무서장의 상고를 모두 기각한다.
상고비용 중 원고 A 주식회사의 상고로 인한 부분은 위 원고가, 피고 성북세무서장의
상고로 인한 부분은 위 피고가 각 부담한다.
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1. 사안의 개요
원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고 B 주식회사(변경 전 상호: C 주식회사, 이하 ‘원고 C’라 한다)와 원고 주식회사 D(변경 전 상호: 주식회사 E, 이하 ‘원고 E’이라 하고, 원고 C와 통틀어 ‘원고 모회사들’이라 한다)은 G, H 등 거래처들(이하 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 라면스프와 포장박스 등을 공급받아 라면 완제품 생산업체인 원고 A 주식회사(이하 ‘원고 A’이라 한다)에 공급해 왔다. 원고 C는 원고 A의 지분 33.26%를 보유하고 있고, 원고 A은 원고 E의 지분 79.87%를 보유하고 있으며, 이들 회사들은 기업집단인 I 그룹에 속해 있다.
나. I 그룹의 회장인 J과 그 배우자인 K(이하 ‘J 등’이라 한다)는 원고 A의 대표이사 등으로 경영에 관여하면서, 2007년경 원고 모회사들 소속 직원들로 하여금, 원고 모회사들이 원고 A에 공급하는 물품들 중 일부를 이른바 ‘페이퍼컴퍼니’인 주식회사 L(이하 ‘L’이라 한다)와 원고 F 주식회사(이하 ‘원고 F’이라 하고, L과 통틀어 ‘이 사건 각 자회사’라 한다)가 공급하는 것처럼 서류를 조작하여, 원래는 원고 모회사들이 원고 A으로부터 지급받아야 하는 공급대금을 이 사건 각 자회사의 계좌로 받아 사용하기로 공모한 후, 이 사건 각 자회사 명의 계좌로 지급된 공급대금 중 상당액을 각 임의 사용하는 방법으로 업무상 횡령을 하였다. 한편 원고 C는 2017. 9. 1. L을 흡수합병하였다.
다. J 등은 2019. 1. 25. 위 횡령 범행에 관하여 ｢특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률｣위반(횡령)죄로 징역 3년(J) 및 징역 2년에 집행유예 3년(K) 등의 판결을 선고받았고(서울북부지방법원 2018고합141), 그 판결은 항소 및 상고가 모두 기각되어 그대로 확정
되었다.
라. 서울지방국세청장은 원고들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2011년부터 2017년까지, 원고 A이 원고 C로부터 라면스프 원료를 공급받았음에도 L 명의로 발급된 세금계산서(계산서 포함)를, 원고 E로부터 포장박스를 공급받았음에도 원고 F 명의로 발급된 세금계산서(이하 원고 A이 위와 같이 발급받은 각 세금계산서를 ‘이 사건 ① 세금계산서’라 한다)를 각 수수하고, 그 전 거래 단계에서, 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 라면스프 원료와 포장박스를 공급받았음에도 마치 위 물품을 이 사건 각자회사가 이 사건 각 거래처로부터 공급받은 것처럼 ‘공급받는 자’가 이 사건 각 자회사로 기재된 각 세금계산서(이하 ‘이 사건 ② 세금계산서’라 하고, 이 사건 ① 세금계산서와 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 수수한 사실을 확인한 뒤, 그에 관한 과세자료를 원고들의 관할세무서장인 피고들에게 통보하였다.
마. 피고 성북세무서장은, 원고 A이 이 사건 각 자회사로부터 수취한 이 사건 ① 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하여, 2019. 1. 21.부터 2019. 4. 1.까지 사이에 원고 A에 대하여 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실 가산세, 세금계산서위장수취가산세 등으로 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 4,744,080,540원을 증액경정ㆍ고지하였다.
바. 피고 원주세무서장은, 이 사건 각 자회사의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 원고 모회사들이 부담하여야 한다는 전제에서, 이 사건 ① 세금계산서와 관련된 매출세액을 원고 모회사들의 매출세액에 가산하는 한편, 이 사건 ② 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않기로 하고, 이 사건 각 자회사가 당초 법인세 신고시 신고하였던 소득금액을 원고 모회사들의 익금에 산입하기로 하였다. 피고 원주세무서장은 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서미발급가산세 및 법인세 본세와 일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세, 지출증빙미(허위)수취가산세, 계산서미발급가산세 등으로 2019. 1. 18.부터2019. 4. 1.까지 사이에 원고 C에 대하여는 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 2,453,968,160원과 2011사업연도부터 2017사업연도까지의법인세(가산세 포함) 합계 2,689,152,010원을, 원고 E에 대하여는 2011년 1기분부터2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 923,256,120원과 2008사업연도부터2017사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 합계 1,407,351,940원을 각 증액경정ㆍ고지하였다.
사. 피고 원주세무서장은 또한, 이 사건 각 자회사가 발급 또는 수취한 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세를 부과하기로 하고, 그 산출세액에서 이 사건 각 자회사가 이미 납부한 부가가치세액을 자진납부세액으로 차감하여, 2019. 1. 18.과 2019. 4. 1. 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세 가산세로 L의 합병법인인 원고 C에 대하여는 합계 587,736,620원을, 원고 F에 대하여는 합계 240,537,760원을 각 증액경정ㆍ고지하였다. 위 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세
에는 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이에 재화 또는 용역(이하 ‘재화 등’이라 한다)의 공급 없이 가공으로 발급ㆍ수취한 세금계산서(이하 위 세금계산서가 가장한원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이의 거래를 ‘이 사건 내부거래’라 한다)에 대하여 부과한 가산세가 포함되어 있다.
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2) 원심의 판단
원심은 판시와 같은 이유로, 원고 모회사들이, 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 않는 이 사건 각 자회사의 명의를 빌려 그 명의로 사업자등록을 하되, 그 등록된사업을 온전히 자신의 계산과 책임으로 영위하면서 부가가치세를 신고ㆍ납부해 온 것으로 평가할 수 있다고 전제한 다음, 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 물품을 실제 공급받았음에도 마치 이 사건 각 자회사가 이 사건 각 거래처로부터 물품을공급받은 것처럼 되어 있는 이 사건 ② 세금계산서와 관련하여, 위 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자’의 등록번호는 해당 물품을 실제 공급받은 원고 모회사들의 등록번호를 나타내는 것으로 보아야 하므로 이 사건 ② 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 따라서 그 매입세액은 원고 모회사들의 매출세액에서 그대로 공제될 수 있음은 물론, 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)
제76조 제5항이 정한 지출증빙미(허위)수취가산세의 부과요건이 구비되었다고 볼 수없다고 판단하였다. 나아가 원심은, 원고 A이 원고 모회사들로부터 물품을 실제 공급받았음에도 이 사건 각 자회사로부터 공급받은 것처럼 되어 있는 이 사건 ① 세금계산서와 관련해서도, 원고 모회사들이 원고 A에 물품을 공급할 무렵 이 사건 각 자회사를‘공급하는 자’로 기재한 세금계산서를 발급한 이상, 원고 A에 재화를 공급하고도 부가가치세 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 볼 수 없으므로 세금계산서미발급가산세를 부과할 수 없고, 마찬가지로 원고 C가 L 명의로 계산서를 발급하였으므로 구 법인세법상 계산서미발급가산세의 부과요건 역시 충족되었다고 볼 수없으며, 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 원고 C(합병 전 L) 및 원고 F에 대한 각 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세도 이 사건 내부거래를 제외한 나머지 부분에 관하여는 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호의 가산세 부과사유를 인정할 수 없다고 판단하였다.
3) 대법원의 판단
가) 원심판결 이유 및 기록에 의하면, 다음과 같은 사정을 알 수 있다.
(1) 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사는 그 설립이나 사업자등록이 시기를 달리하여 별도로 이루어졌다. 사업자등록 단계에서 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사의 명의만을 빌려 자신들의 사업장에 대한 사업자등록을 한 것으로 보이지 않는다. 오히려 원고 모회사들은 이 사건 각 자회사를 인수한 이후 매출의 외형을 이 사건 각 자회사 앞으로 이전하는 과정에서, 기존에 이미 신청ㆍ등록이 마쳐진 이 사건 각 자회사의 사업자등록을 이용하였던 것으로 보인다.
(2) 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사의 사업자등록을 이용할 당시, 원고 모회사들 명의의 기존 사업자등록은 해당 사업장을 실제로 운영하고 있는 원고 모회사들의 사업자등록으로서 기능하고 있었다. 이에 따라 과세당국 입장에서는 해당 사업장에 대하여 이 사건 각 자회사 명의로 마쳐진 사업자등록의 실질적인 귀속자가 원고 모회사들인지, 아니면 이 사건 각 자회사인지 혼동을 일으킬 가능성이 높았을 것으로 보인다.
(3) 이 사건 각 자회사는 J에 의해 개인적으로 설립 또는 그 다수 지분이 양수되었다가, 원고 모회사들에 의해 그 지분의 전부 또는 다수 지분이 인수되어 그 자회사로 된 것으로 보인다. 이후 이 사건 각 자회사 명의로 수행된 사업은 원고 모회사들이 기존에 수행하던 방식으로 이루어졌고, 이 사건 각 자회사가 그 외에 새로운 사업을 수행하거나 독자적으로 사업을 진행하였다는 사정은 찾을 수 없다. 이 사건 각 자회사는 명의가 이전된 거래로 인한 수익만 거둘 뿐 그에 대한 비용을 지출한 흔적은 거의 보이지 않고, 지출금액의 대부분은 대표이사 등의 횡령 자금으로 지급된 것으로 보인다.
위와 같은 이 사건 각 자회사의 설립 및 인수 경위, 사업자등록의 이용 양태, 사업의 내용 및 운영 방식, 수익이나 비용 등의 관리 및 지출 용도 등에 비추어 보면, J이 운영한 원고 모회사들은 이 사건 각 자회사의 사업자등록 명의만을 빌려 실제 사업을 하려고 하였던 것이 아니라, 단지 대표이사 등의 자금 횡령을 목적으로, 이 사건 각 자회사 명의의 기존 사업자등록을 이용하여, 원고 모회사들의 매출의 외형을 이 사건 각 자회사로 이전시키면서 이 사건 각 자회사의 거래행위를 나타내는 세금계산서를 발급ㆍ수취하였을 뿐이라고 볼 소지가 크다.
(4) 한편 J은 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이의 거래인 이 사건 내부거래를 대상으로도 이 사건 각 자회사 명의로 세금계산서를 발급ㆍ수취하거나 세금계산서 합계표를 작성ㆍ제출하기도 하였다. 이는 이 사건 각 자회사를 원고 모회사들과 독립된 세금계산서의 발급ㆍ수취의 주체로 볼 수 있는 근거가 될 수 있다.
나) 위와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 ② 세금계산서는실제 거래를 한 사업자(원고 모회사들)와 명의자(이 사건 각 자회사)가 달라 구 부가가치세법 제32조 제1항 제2호에서 정한 ‘공급받는 자의 등록번호’가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당하고, 그 매입세액은 원고 모회사들의 매출세액에서 공제될 수 없다.
뿐만 아니라, 원고 모회사들은 이 사건 각 거래처로부터 물품을 실제 공급받았음에도, 이 사건 각 자회사가 공급받는 자로 기재된 이 사건 ② 세금계산서를 발급받은 것이므로, 구 법인세법 제76조 제5항의 ‘증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우’에도 해당하여, 위 조항에 따른 지출증빙미(허위)수취가산세의 부과요건 역시 충족되었다고 볼 소지가 크다.
나아가 이 사건 각 세금계산서(법인세 관련 계산서 포함)를 발급ㆍ수취한 주체 역시, 원고 A 및 이 사건 각 거래처와 실제 거래에 임한 원고 모회사들이 아니라, 명의자인 이 사건 각 자회사로 보아야 하므로, 이 사건 각 세금계산서는 원고 모회사들이 아닌
이 사건 각 자회사에 의하여 발급ㆍ수취된 것으로 귀결된다. 따라서 원고 모회사들은 원고 A에 물품을 공급하고도 부가가치세 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당한다. 또한, 원고 C는 비록 L 명의의 계산서가 발급되었을지라도 구 법인세법상의 계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당한다. 이 사건 각 자회사가 원고 A에 물품을 공급한 바 없음에도 이 사건 각 자회사가 공급하는 자로 기재된 이 사건 ① 세금계산서의 발급이 이루어진 것, 그리고 이 사건 각 자회사가 이 사건 각 거래처로부터 물품을 공급받은 바가 없음에도 이 사건 각 자회사가 공급받는 자로 기재된 이 사건 ② 세금계산서의 발급이 이루어진 것은, 모두 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호가 규율하고자 하는 ‘재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급ㆍ수취한 경우’에 해당한다고 볼 수 있다.
그러므로 이 사건 ① 세금계산서와 관련하여 원고 모회사들에 대한 구 부가가치세법상 세금계산서미발급가산세와 구 법인세법상 계산서미발급가산세, 그리고 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 원고 C(합병 전 L) 및 원고 F에 대한 구 부가가치세법상 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세(이 사건 내부거래 외의 부분) 역시 각 그 부과요건을 충족한 것으로 볼 소지가 크다.
다) 그런데도 원심은, 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사의 명의만을 빌려 거래를 하였다는 잘못된 전제에 입각한 나머지, 이 사건 ② 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 원고 모회사들의 매출세액에서 해당 매입세액의 공제가 가능하고, 원고 모회사들에 대해서 지출증빙미(허위)수취가산세를 부과할 수도 없으며, 이 사건 ①세금계산서와 관련하여 원고 모회사들에 대한 세금계산서미발급가산세 및 계산서미발급가산세, 그리고 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 원고 C(합병 전 L) 및 원고 F에 대한 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세(이 사건 내부거래 외의 부분) 역시 부과할 수 없다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 부가가치세 매입세액 불공제 및 각 가산세에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고 원주세무서장의 상고이유 주장은 이유 있다.
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<대법원>