대 법 원
제 2 부
판 결
사 건 2024두54065 법인세부과처분취소
원고, 피상고인 주식회사 A
소송대리인 변호사 정병문, 김희철, 유경란
피고, 상고인 남대문세무서장
소송대리인 법무법인 제연
담당변호사 안수영, 정진욱
원 심 판 결 서울고등법원 2024. 8. 21. 선고 2022누55844 판결
판 결 선 고 2025. 10. 16.
주 문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
이 유
상고이유를 판단한다.
1. 사안의 개요
원심판결 이유와 기록에 의하면 다음 사실을 알 수 있다.
가. B는 1891년 설립된 네덜란드의 다국적 전자제품 생산 기업으로, 전 세계 100여
개 국가에서 사업활동을 하고 있다(이하 이들을 통칭하여 ‘C 그룹’이라 한다). 원고는
1976. 1. 5. B의 100% 출자로 설립된 법인으로서 의료장비, 생활가전, 조명의 3개 사
업 부문으로 구성되어 있으며, C 그룹에 속한 국외특수관계인들로부터 제품을 수입하
여 국내 시장에 판매하는 도매업을 주업으로 하고 있다.
나. 원고는 3개 사업 부문별로 거래순이익률방법(영업이익률을 순이익률지표로 함)에
따라 산출된 이전가격을 기준으로 소득조정을 하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하
였다.
다. 서울지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 7. 11.부터 2017. 6. 30.까지
원고의 2012~2015 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하면서, 원고의 사업 부문
을 의료장비, 소형가전, 자동차조명, 일반조명의 4개로 구분하고 각 부문별로 거래순이
익률방법을 적용하여 정상가격을 산출하였다. 조사청은 원고가 일반조명 부문에서는
국외특수관계인들로부터 제품을 정상가격보다 낮은 가격으로 매입하고 나머지 3개 사
업 부문에서는 정상가격보다 높은 가격으로 매입한 것으로 보아, 일반조명 부문에 대
해서는 조정을 하지 않고 나머지 3개 사업 부문에 대해서만 익금산입 조정을 하는 내
용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.
라. 이에 따라 피고는 2017. 8. 8. 원고에 대하여 2012~2015 사업연도 법인세 합계
9,046,619,100원(각 가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 당초 부과처분’이
라 한다).
마. 원고는 ‘조사청이 일반조명 부문에 대해 정상가격 소득조정을 하지 않은 것이 부
당하다’는 이유로 조사청이 산정한 정상가격과 원고의 이전가격과의 차액을 손금산입
하여 2012~2015 사업연도 법인세를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피
고는 2018. 3. 23. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 당초 거부처분’이라 한다).
바. 원고는 이 사건 당초 부과처분과 이 사건 당초 거부처분에 대해 각각 심판청구
를 제기하였다. 조세심판원은 두 사건을 병합하여 2019. 7. 15. 위 처분들 중 조명 사
업 부문에 관하여는 자동차조명 사업과 일반조명 사업으로 나누어 정상가격 과세조정
을 하되 각 정상가격을 재조사한 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 부
분에 관한 심판청구는 기각한다는 내용의 결정을 하였다.
사. 조사청은 조세심판원의 위 결정에 따라 조명 사업 부문에 대하여 재조사를 실시
하고, 2019. 9. 20. 일반조명 사업 부문과 관련된 이 사건 당초 거부처분 중 일부를 취
소하여 관련 세액을 원고에게 환급하였다(이하 이 사건 당초 부과처분 중 자동차조명
사업 부문을 제외한 의료장비 및 소형가전 사업 부문에 관한 부분을 ‘이 사건 처분’이
라 한다).
2. 원심의 판단
원심은 판시와 같은 이유로 ‘피고가 의료장비 사업 부문과 소형가전 사업 부문에서
거래순이익률방법에 따라 정상가격을 산출함에 있어 확보․이용 가능성이 높지 않은
자료를 사용한 절차적 잘못을 저질렀다’는 원고의 주장을 배척하면서도, 다음과 같은
이유로 피고의 비교대상업체 선정 및 그에 기초한 정상가격 산출이 구 ｢국제조세조정
에 관한 법률｣(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세
조정법’이라 한다) 및 구 ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣(2019. 2. 12. 대통령령 제
29525호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다)과 구 ｢국제
조세조정에 관한 법률 시행규칙｣(2021. 3. 16. 기획재정부령 제840호로 전부개정되기
전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행규칙’이라 한다)에서 정한 방법에 따라 적법하게
이루어진 것으로 볼 수 없다고 보아, 그러한 정상가격 산출을 전제로 한 이 사건 처분
은 위법하다고 판단하였다.
가. 의료장비 사업 부문과 관련하여, 조사청이 원고에 대한 법인세 통합조사 과정에
서 작성한 ‘2차 이전가격 조사보고서’에는 ‘원고와 국외특수관계인 사이의 의료장비 거
래’만을 국제거래로 보고 유지보수서비스업은 국내거래로 보면서 다만 국제거래인 의
료장비 거래와 밀접하게 관련이 있다는 이유로 통합거래 분석을 한 것으로 되어 있다.
이와 같이 피고는 의료장비 사업 부문의 비교대상업체를 선정하는 과정에서 국내거래
인 ‘유지보수서비스업’과의 유사성을 주요 기준으로 삼은 것으로 보인다.
그러나 원고의 의료장비 사업 부문에서 국제조세조정의 대상은 국제거래인 ‘의료장
비 공급 거래’와 ‘유지보수서비스 지원 거래’이므로, 피고로서는 구 국제조세조정법 제5
조 제1항 제5호, 구 국제조세조정법 시행령 제5조 제2항, 구 국제조세조정법 시행규칙
제2조 제1항 각호에 따라 해당 국제거래와 비교대상거래의 비교가능성을 분석하였어야
함에도 위 각 국제거래에 관하여 구체적으로 비교가능성 평가 과정을 거쳤다고 볼 근
거가 부족하다.
나. 소형가전 사업 부문과 관련하여, 해외 제조사의 제품을 국내에 수입하여 자체적
인 마케팅 전략을 통해 수익을 창출하는 업체들이 비교대상업체로 선정되었으나, 소형
가전 사업 부문에서 원고의 역할과 책임은 국내 시장 상황에 대한 정보 제공과 현지
시장 상황에 맞춘 가격 조정 등 실행 방식 정도로 제한되어 있으므로, 원고가 위와 같
이 선정된 비교대상업체들과 동일한 완전판매업자라고 단정하기 어렵다.
3. 대법원의 판단
가. 구 국제조세조정법 제4조 제1항 본문은 “과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽
이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는
정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준 및 세액
을 결정하거나 경정할 수 있다.”라고 규정한다.
같은 법 제5조 제1항 제5호는 정상가격 산출방법의 하나로 ’거래순이익률방법: 거주
자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래
중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가
격을 정상가격으로 보는 방법’을 규정하고 있다. 같은 법 제5조 제2항의 위임에 따른
구 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항은 정상가격 산출방법을 선택할 때 고려할 기준
의 하나로 제1호에서 “특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의
거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의
어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”라고 규정하면서, (가)목에서는 ‘비교되는 상황
간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우’
를, (나)목에서는 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영
향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경
우’를 들고 있다. 또한 구 국제조세조정법 시행령 제5조 제2항은 “제1항 제1호에 따라
비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화
나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약
조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소에 관하여 기획재정부령으로 정하는 사항을 분석
하여야 한다.”라고 규정한다.
나. 거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순
이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이므로, 다른 정상가
격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 ‘비교가능 제3자 가격방법’이나 매출총이익률에
기초하는 ‘재판매가격방법’ 또는 ‘원가가산방법’과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사
업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 다만 국외특수관계자거래와 비교대상거
래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고, 그로 인
하여 거래에 수반되는 위험이나 사용되는 자산 등 다른 비교가능성 분석요소의 차이를
야기하며, 나아가 그러한 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 그 비교대상거
래는 합리적인 차이 조정이 이루어지지 아니하는 한 비교가능성이 높다고 할 수 없어
당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래라고 할 수 없으므로, 그러한 비교대상거래를
기초로 거래순이익률방법에 따라 산출한 가격은 적법한 정상가격이라고 할 수 없다(대
법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 참조).
다. 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 소형가전 사업 부문과 관련하
여 피고의 비교대상업체 선정 및 정상가격 산출이 적법하게 이루어진 것으로 볼 수 없
다고 판단한 것은 그 이유 설시에 다소 적절하지 않은 부분이 있기는 하나 결론을 수
긍할 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같이 필요한 심리를 다하지 않은 채 논리와 경
험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 구 국제조세조정법상 거래순
이익률방법에 따른 정상가격 산출에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
라. 그러나 의료장비 사업 부문과 관련한 원심의 판단, 즉 ‘의료장비 공급 거래’와
‘유지보수서비스 지원 거래’ 모두에 관하여 구체적인 비교가능성 평가가 있었다고 볼
근거가 부족하므로 피고의 비교대상업체 선정 및 정상가격 산출이 적법하게 이루어진
것으로 볼 수 없다는 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
1) 앞서 본 것처럼 거래순이익률방법은 ‘비교가능 제3자 가격방법’이나 ‘재판매가격
방법’, ‘원가가산방법’과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에
의한 영향이 적다. 따라서 거래순이익률방법을 적용하여 정상가격을 산출하는 경우, 과
세관청이 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고
최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다면, 특별한
사정이 없는 한 거래품목이나 비교대상업체와의 거래단계 등 차이에 따른 별도의 조정
을 하지 아니하였다는 이유만으로 그와 같이 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는
없다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747, 1754 판결 참조).
2) 원심이 지적하는 원고와 국외특수관계인들 사이의 ‘유지보수서비스 지원 거래’는,
원고가 국내 고객들에게 판매한 의료장비에 관하여 원고의 엔지니어들이 C 그룹으로
부터 의료장비에 대한 정보와 매뉴얼을 받아 유지보수서비스를 제공하고, 의료장비의
고장을 원고가 자체적으로 해결할 수 없는 경우에는 해당 국외특수관계인들로부터 직
접 지원받는 거래를 말하는 것으로 보인다.
그러나 원고의 유지보수서비스업 매출은 대부분 유지보수서비스 용역 자체가 아니라
부품 판매에서 발생하였던 점, 유지보수서비스 용역을 제공하는 과정에서도 의료장비
제조사로부터 제공받은 기술적 정보 자체보다 유지보수 업무를 수행하는 엔지니어의
기술 및 숙련도가 더 중요하였고, 대부분의 의료장비 고장은 국내 엔지니어들에 의해
해결되었던 점 등을 고려할 때, ‘유지보수서비스 지원 거래’라는 것은 국내에서의 유지
보수서비스업과 관련된 C 그룹 차원의 기본적 제도 및 정책에 불과하고, 설령 이를 원
고와 국외특수관계인들 사이의 ‘거래’로 보더라도 원고가 국내에서 수행한 유지보수서
비스업의 영업이익률에 중대한 영향을 미칠 정도로 유의미한 국외특수관계인들의 기여
가 있었다고 보기 어렵다.
3) 원고와 C 그룹에 속한 국외특수관계인들은 의료장비 및 부품 공급 거래를 할 때
와 달리 ‘유지보수서비스 지원’에 관해서는 계약서를 따로 작성하지 않은 것으로 보인
다. 원고의 주장에 의하더라도 원고는 해당 국외특수관계인들에게 ‘유지보수서비스 지
원’에 대한 대가를 독립된 항목으로 지급하지 않고 의료장비 및 부품의 대가에 포함하
여 지급해 왔다는 것인바, 당사자들 역시 ‘유지보수서비스 지원’을 별도의 거래대상이
아니라 의료장비 공급 거래에 따르는 C 그룹 차원의 부수적 거래조건 정도로 취급하
였다고 볼 수 있다.
4) 이와 같이 원고와 C 그룹에 속한 국외특수관계인들 사이에 의료장비 공급 거래와
별도로 독립적인 ‘유지보수서비스 지원 거래’가 존재하였다고 보기 어려운 이상, 피고
가 비교대상업체를 선정하기에 앞서 ‘유지보수서비스 지원 거래’를 조정 대상 국제거래
로 특정하고 비교가능성을 평가하는 과정을 반드시 거쳤어야 한다고 볼 수 없다. 피고
는, 해외 제조 의료기기 등의 국내 독점 판매권한을 보유하고 있는 기업들로서 장비
판매 후 유상 유지보수서비스 사업을 통해 추가 수익을 창출하는 업체들을 비교대상업
체로 선정하였다. 그렇다면 피고로서는 원고와 비슷한 거래를 행하는 비교대상업체를
선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다
고 볼 여지가 충분하다.
마. 그런데도 원심은 ‘유지보수서비스 지원 거래’에 관한 비교가능성 평가가 없었음
을 이유로 들어 원고의 의료장비 사업 부문에 대해 비교대상업체 선정이 위법하게 이
루어졌다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 국제조세조정법상 거래순이익률방
법에 따른 정상가격의 산출 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으
로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
4. 결론
상고이유 주장 중에서 소형가전 사업 부문에 관한 부분은 이유 없고 의료장비 사업
부문에 관한 부분만 이유 있으나, 정당한 세액을 새로 산출할 필요가 있으므로 원심판
결을 전부 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여
대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
재판장 대법관 오경미
대법관 권영준
주 심 대법관 엄상필
대법관 박영재
<대법원>