제약회사인 원고가 2015~2019 사업연도 법인세 및 부가가치세를 신고·납부한 것(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)에 대하여,
과세관청이 위 신고가 구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의6 제3항 제4호에서 정한‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다는 이유로 원고에 대한 2014~2019 사업연도 법인세 등 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하고,
① 원고가 의료인을 대상으로 심포지움을 개최하고 광고선전비로 계상한 비용 중 의료인과 그 가족에게 제공한 숙박비와 식사비를 접대비로 보아 한도초과분에 대하여 손금불산입,
② 학술대회 행사 등을 후원하고 광고선전비로 계상한 학회 시상금을 비지정기부금으로 보아 손금불산입,
③ 일부 연구용역비를 가공용역으로 보아 손금불산입,
④ 연구인력개발비의 세액공제 부인,
⑤ 원고가 수행한 자회사의 마케팅 용역 수수료의 익금산입,
⑥ 원고 대표이사의 해외교육비를 손금부인하여,
원고에게 2015~2019 사업연도 법인세 및 부가가치세를 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였는데, 위 처분이 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 위법하게 개시된 세무조사에 기한 것이어서 위법한지 여부가 문제된 사안에서, 국세기본법 제81조의6이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 국세기본법 제81조의6과 제81조의4 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하고,
국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 말하는‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 납세자가 세무조사의 대상이 되는 사항과 관련하여 과세관청에 신고한 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있을 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우라고 해석함이 상당하다는 전제하에,
과세관청은
① 다른 제약회사가 의학전문잡지사 등이 개최하는 각종 학술행사를 통하여 의사들에게 불법 리베이트를 제공하였다는 이유로 검찰조사를 받은 점,
② 원고도 2015년 초반까지 위 의학전문잡지사를 통해 의료인 상대 학술대회 등을 개최하고 그 비용을 지원한 점,
③ 의학전문잡지사가 리베이트 조사를 받게 되자 원고가 위 잡지사와의 거래를 중단하고 다른 대행업체를 통하여 학술행사 등을 지원한 점,
④ 원고의 2013~2019 사업연도 법인세 신고자료에 의하면 접대비 지출이 감소한 반면 광고선전비 지출이 증가한 점을 근거로
원고를 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 정한 세무조사 대상자로 선정하였으나,
⑴ 원고가 2015년 초반까지 거래하던 의학전문잡지사들이 다른 제약회사와 관련되어 리베이트 혐의로 검찰조사를 받았다고 하여 원고가 위 잡지사 등을 통하여 의사 등에게 리베이트를 제공하였다거나 2015년 초반 이후 다른 대행업체 등을 통하여 리베이트를 제공하였다고 단정할 수 없고 그러한 사실을 객관적으로 인정할만한 아무런 증거가 없는 점,
2015년경부터 원고의 접대비 지출이 감소하고 광고선전비 지출이 증가하였더라도 그것이 이 사건 신고 내용에 탈루나 오류가 있었기 때문인지 아니면 접대비를 적게 지출하고 광고선전비를 많이 지출할 사유가 있었던 것인지 알 수 없는 점 등에 비추어, 이 사건 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있어 조세탈루의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료로 뒷받침되어 상당한 정도로 인정되는 경우에 해당한다고 보기 어렵고,
⑵ 이 사건 세무조사는 객관적인 자료에 의해 과세관청이 탈루나 오류의 혐의가 있다고 본 ‘심포지움 비용’과 ‘학회 시상금’ 이외에도 원고의 연구용역비, 연구인력개발비, 수수료, 원고 대표이사의 교육비 등에 대해서까지 조사영역이 확장되었는데, 이는 이 사건 세무조사가 ‘법인세 통합조사’로 과세관청이 조사대상 과세기간 동안의 원고의 모든 회계자료를 제출받아 기존 세금 신고내용과 일일이 대조하고 오류를 찾아내는 방식으로 이루어졌기 때문인 것으로 보이는 등 원고의 조세탈루나 오류를 인정할 만한 객관적인 자료가 존재하지 않음에도 막연한 추측에 기반하여 이 사건 세무조사 착수 이후 조사의 범위를 확대한 것이어서 최소성의 원칙에도 위반한다는 이유로, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 정한 세무조사 대상자 선정사유에 해당하지 아니함에도 세무조사권을 남용하여 이루어진 것이어서 위법하고,
이 사건 처분 역시 위법한 세무조사를 통하여 수집한 과세자료에 기초하여 이루어진 것이어서 적법절차의 원칙에 위반해 위법하다고 판단한 사례(2024구합57477)
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